根据制作方法和配料不同，腐乳的颜色、风味营养也有所差别。白腐乳不加任何辅料，呈本色。红腐乳是由腌坯加红曲、白酒、面曲和蛋白酶等发酵而成的，红曲中含有的洛伐他丁对降低血压和血脂具有重要意义，有一定的保健作用。青腐乳，其实就是臭豆腐乳，腌制中加入了苦浆水、盐水而呈豆青色，比其他品种发酵更彻底，而含有更多的氨基酸和酯类。花腐乳，一般会添加辣椒、芝麻、虾籽、香油、火腿、白菜、香菇等，其营养素最全。此外，有些腐乳上面会有白白的小点，其实那是酪氨酸结晶，可放心食用。
除直接吃外，腐乳在烹饪中可起到赋咸、增香、提鲜等作用，如腐乳爆肉，腐乳空心菜、腐乳花卷等。需要注意的是，高血压、心血管病、痛风、肾病患者以及胃肠道溃疡患者要少吃，以免加重病情;一般人群宜取少量腐乳或低盐腐乳制汁后再入菜。
