二、运动系统
引起骨质疏松症
美国加利福尼亚大学的研究者对980名50～98岁的老年妇女进行了调查研究，结果发现，长期每天饮2杯以上咖啡而不饮牛奶的老年妇女，不管年龄、肥胖程度如何，其髋骨、脊椎的骨密度都会降低，且降低的程度与习惯延续的时间长短和饮用量的多少有关。因为，咖啡因能与人体内的游离钙结合，并经尿排出。游离钙的减少必然引起结合钙的分解，从而导致骨质疏松。
三、呼吸系统
呼吸急促
咖啡因及类似药物对于呼吸有两种影响，一是增加呼吸速率。此外，咖啡因可使气管周围的平滑肌放松，因而使气管扩张，增加呼吸量。但咖啡因不可以作为药物用于临床来治疗哮喘。
四、消化系统
导致胃病
咖啡中的酸质、油脂及咖啡因都可能刺激胃黏膜，并促进胃酸分泌，长期大量饮用含有咖啡因的饮品，会导致胃病。
五、生殖系统
降低妇女受孕
有研究指出，妇女怀孕期间喝咖啡，生下的婴儿出生体重较低。也有研究显示，服用咖啡因(相当于每天喝多于一杯咖啡)可能显著降低妇女受孕的机会。
六、神经系统
降低眼睛清除废物的速率
咖啡因会使眼部微血管收缩(变窄)，使得进入眼睛细胞的营养物质减少，也会降低眼睛清除废物的速率。
七、肾脏系统
利尿
早上喝咖啡后爱上厕所，是许多人经常遇到的事。这是因为咖啡因会影响肾脏的腺苷受体，起到类似利尿剂的作用。咖啡因也可能减缓大脑释放一种减少尿液生成的抗利尿激素。
