引起反复发作的原因可以有以下几方面：
首先，发生此病后用药不认真，不能彻底治疗，是导致疾病反复发作的重要原因。此病患者经过治疗，仍需要在每次月经干净后去医院复查妇科检查及阴道分泌物化验，连续3次。如果此期间有1次又发现念珠菌感染迹象就不能定为痊愈，而属于复发或再感染，需要继续治疗。所以要在症状消失后巩固一段时间。
第二，夫妻双方未同时接受治疗：女性患霉菌性阴道炎后，通过性生活可以将病原体传给丈夫，使丈夫也成为带菌者，约10%的男性可发生龟头包皮炎。如果仅女方治疗而男方未治，那么即使女方治愈也会被丈夫再感染，使念珠菌在夫妻双方间反复“传递”，女性的霉菌性阴道炎反复出现。男性可以用含有咪唑类药物的霜剂或膏剂（比如克霉唑等抗真菌药膏），如果男性有明显的症状的话，或比较严重可以口服曲左霉素或氟康唑等抗真菌的药物（遵医服用）.
第三，治疗期间未按规定换洗消毒内裤、毛巾，也可以成为念珠菌再感染的原因。
第四，人体自身就可以是念珠菌的携带者，存在于肠道中的念珠菌感染阴道时即能引起霉菌性阴道炎，例如平时卫生习惯不良，大便后擦拭外阴时总是由肛门向尿道方向擦，就可能将肠道中的念珠菌带入阴道，反复引发霉菌性阴道炎。因此，治疗此病时应该同时口服用药，以消灭肠道念珠菌。而且，患者要改变不良卫生习惯。
第五，经常或长期使用抗生素，反复破坏阴道菌群间的制约关系，使念珠菌生长旺盛。对这类病人应该在服用抗生素的同时或治疗后给予抗霉菌药物进行预防。
